Джон родился в 1906 году в Неваде. Его отец бросил семью, чтобы серьезно заняться актерской деятельностью. Мать Джона любила играть на тотализаторе, а также была журналисткой. Перед тем, как заняться кино, Джон был боксером, успел послужить в американской кавалерии, а также занимался журналистикой. В 19 лет он женился на своей школьной подруге, но через год бросил ее. Хьюстон пишет свою первую пьесу «Фрэнки и Джонни» в 1928 году. Он попал на студию «Юниверсал» с помощью своего отца. После этого он внезапно отправляется в путешествие по Европе. В 1937 году он женится на Лесли Блэк и задумывается о карьере в Голливуде.
В 1940 году он экранизировал детектив «Мальтийский сокол». Он поручил главную роль Хэмфри Богарту, своему другу. Фильм произвел сенсацию. Сценарий номинировали на премию «Оскар», а Хьюстон стал одним из ведущих режиссеров Голливуда. В 1941 году он пишет сценарий «Сержанта Йорка». Фильм получил номинацию на «Оскар». Через год он снимает фильм «Через Тихий океан», «В этом наша жизнь». Для серии «Почему мы воюем» он снял несколько фильмов, один из которых в США запретили. Война закончилась, и он женился на Эвелин Кэйс. В 1948 году он снимет фильм «Сокровище Сьерра-Мадре» с Богартом. За год до смерти его отец получил «Оскар».
Джон открыл миру Мэрилин Монро. Она сыграла в криминальной драме «Асфальтные джунгли». Самым неудачным фильмом Хьюстона была лента «Алый знак доблести». В нечеловеческих условиях он снимал фильм «Африканская королева». Вот об этой картине пресса отозвалась с восторгом. Критики воздали должное авантюристу Джону и актерам Кэтрин Хепберн и Хэмфри Богарту. Последний получил «Оскара». В 1951 году Джон покинул США и осел в Ирландии. В 1961 году он начал съемки «Неприкаянных». Съемки были очень тяжелыми. Хьюстон проявил себя не только как режиссер, но и как актер. В «Библии» он играл Ноя.
Пять раз режиссер был женат. Он пил, играл в азартные игры, охотился, рыбачил, путешествовал и имел лицензию пилота. К 200-летию США он подготавливал документальную ленту «Независимость». В 78 лет он снял фильм «Честь семь Прицци». В 1985 году он получил специальную премию за творчество на кинофестивале в Венеции. Он в 1987 году закончил работу над фильмом «Умершие» и вскоре скончался. Фильм в Венеции показали через несколько дней после его смерти, которая наступила 28 августа.